序列比对差异度 Skill

--- name: seq-align-identity description: 两条序列直接算清楚：全局比对后给相似度、逐位差异表与连续错配片段，转换与颠换分开标，缺口单独计数，写报告不用再数格子。 --- # 序列比对差异度 Skill ## 触发条件 确认两个样品序列差异、验证测序结果、给报告配差异说明的时候使用。 ## 执行步骤 1. 两条序列分别跟 --a 与 --b，支持 N 与缺口符。 2. 差异位点表逐位列出，插入缺失与替换分开标注。 3. 连续错配段可用 --min-len 调阈值，默认 4 个。 4. 短序列别只看百分比差异，结合生物学背景判断。 ## 依赖 仅 Python 标准库（argparse/pathlib）。 ## 输出 align_result.md：长度与相似度汇总、逐位差异表、连续错配片段与三条提醒。